根据三明市财政部门计算，实行药品零差率销售后，全市22家市、县级公立医院每年将减少9200多万元收入。为维持医院正常运转，这一部分收入差异，该市通过3个途径来解决：调整医疗服务价格，医院通过加强内部管理降低运营成本，余下部分由财政承担。
该市规定，市、县两级公立医院院长年薪由基本年薪和绩效年薪构成，采取定性和定量、年度与日常考核相结合方式，从医院服务评价、办医方向、平安建设、医院管理、医院发展等方面对院长进行全面考核，根据考核结果由财政支付。医生年薪由基本年薪和绩效年薪两部分组成，年薪从医院的医疗收入中支付。该市规定，市、县两级公立医院所有在职聘用的临床医师类和技师类（包括临床药师）医务人员按职称享受不同级别的基本年薪，其中住院医师基本年薪7万元、主治医师12万元、副主任医师18万元、主任医师25万元。医生的绩效年薪考核必须与岗位工作量、医德医风和社会评议等挂钩，但科室业务收入不得列入绩效年薪考评内容。为缓解公立医院的资金压力，也让参保病人住院时少交预付金，该市建立了基本医疗保险周转金制度，以各定点医疗机构上年度拨付住院统筹基金的月平均额为基数，预拨一个季度的资金为周转资金。
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