《公报》显示，2012年，全国水环境质量依然不容乐观。长江、黄河、淮河等十大流域的国控断面中，Ⅰ类～Ⅲ类、Ⅳ类～Ⅴ类和劣Ⅴ类水质的断面比例分别为68.9%、20.9%和10.2%，黄河、松花江、淮河和辽河为轻度污染，海河为中度污染。对198个城市4929个地下水监测点的监测结果显示，较差 — 极差水质的监测点比例为57.3%，且有63.6%的监测点水质呈现变差趋势。同时，全国18.6%的近岸海域水质为劣Ⅳ类，其中，东海近岸海域水质为极差；9个重要海湾中，渤海湾、长江口、杭州湾和珠江口的水质为极差。
《公报》强调，2012年，我国农村环境问题日益显现，突出表现为工矿污染压力加大，生活污染局部加剧，畜禽养殖污染严重。对全国798个村庄的农村环境质量试点监测结果显示，93.3%的村庄空气质量未出现超标现象。但是，农村饮用水源和地表水受到了不同程度污染，试点村庄1370个饮用水源地监测断面（点位）水质达标率为77.2%，超标污染物主要为氨氮和总大肠菌群等，少数试点村庄地表水存在重金属超标情况。《公报》指出，去年环境保护部共批复建设项目环境影响评价文件240个，涉及总投资近1.4万亿元，有24个不符合要求的项目被退回报告书、不予审批或暂缓审批，涉及总投资1000多亿元。此外，有74个城市（京津冀、长三角、珠三角等重点区域以及直辖市和省会城市）已按新标准开展细颗粒物、臭氧等项目监测，并实时发布数据。
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