（1）从分子生物学探讨阴阳学说的物质基础：

　　近年来阴阳学说物质基础研究发现，人体内环核苷酸作为一种调节功能的化合物，其生理功能与阴阳的对立统一关系密切相关。环状腺嘌呤单核苷酸（cAMP）与环状腺鸟嘌呤单核苷酸（cGMP）这一对环核苷酸在体内的生理效应是既互相协调，又相互制约、拮抗的，这种表现与阴阳学说对立互根、消长转化的规律有相似之处。对细胞增殖分裂，cAMP水平升高起抑制作用，cGMP起促进作用。cAMP促进心肌收缩，cGMP可降低鼠胎心搏动。cAMP与cGMP在细胞中的浓度也常互相消长。器如异丙肾上腺素使心肌收缩加强时，心肌中cAMP增加而cGMP减少。乙酰胆碱使心肌收缩减弱时，则cAMP减少而cGMP增加。有学者观察到阳虚时cAMP含量降低，cGMP升高，而阴虚时与之相反。但生物信息提取的时间技术（BIT）从细胞信号转导的角度讨论细胞的生理过程，根据阴阳的过程时间模型（YPTM）首次提出细胞阴阳的概念。目前已知有至少五种蛋白酶关联受体，很显然，细胞阴阳并不是完全由cAMP和cGMP的绝对水平或相对比例决定的。机如果将环核苷酸作为阴阳的物质基础之一，尚需进一步研究探讨。

　　（2）从细胞膜系结构探讨阴阳特性：

　　阴阳学说的外为阳、内为阴可与人的细胞膜系结构相联系。如细胞膜为外为表，属阳；细胞膜为内为里，属阴。在内的内质网膜通过高尔基体的分泌颗粒加到质膜上，类似于由阴转阳。质膜通过内吞噬将物质转移到细胞内，也可再加入内质网，实现由阳转阴。从细胞膜上镶嵌的受体蛋白也可与阴阳属性相联系。当受体（如肾上腺素β受体）被激活时，通过激活腺苷酸环化酶，使细胞内cAMP增高，人体表现为兴奋、亢进，故为阳。质但当乙酰胆碱M受体被激活时，通过激活鸟苷酸环化酶，使细胞内cGMP增高，人体表现为缓和、抑制等，故为阴。
　　（3）从自主神经、阴阳离子、酸碱平衡探讨阴阳互根互用及制约关系：不明确部位的，恶性肿瘤

　　肾阴、肾阳与自主神经系统的交感神经和副交感神经系统同为既对立又统一的两对矛盾，均能调节全身组织器官的功能。如肾阴虚见五心烦热、咽干口燥、尿赤便秘、无尿少津、脉细数等，与交感神经—肾上腺素能系统活动偏亢颇相吻合。而肾阳虚的畏寒肢冷、便溏、脉迟缓等又和副交感神经功能偏亢或交感神经功能减退相近似。象这些生化指标反映了肾阴、肾阳的病理生理变化。滋肾阴中药可以抑制交感—肾上腺素能神经的偏亢状态，温肾阳药可以提高该系统的偏衰状态，通过调控使整个机体的功能达到阴阳平衡。

人体阴阳离子之间也是相互依存、相互制约。在体液中阴离子和阳离子的总摩尔量相等，保持纯中性，一旦平衡被打破，就会引起疾病。此与“阴平阳秘，精神乃治”，“阴阳离决，精气乃绝”的内涵极为相似。
　　正常生活中生物体内所含酸性及碱性物质总保持着一定的数量和比例，体液的酸碱度（pH）总是稳定在一定范围。如果酸性物质产生速度超过了肺或肾的维护能力，则必然引起血液氨离子浓度上升，pH值下降，若pH值低于7.35，就会出现酸中毒，严重者可危及生命。相反，体内碱性物质过多，pH高于7.45，就会出现碱中毒。
　　壁探讨酸碱平衡与阴阳对立统一的内在联系，可为阴阳学说实质的探讨提供一定的客观依据。