中医助理医师执业证书注册程序如下：拟在医疗、保健机构中执业的中医医师，要向批准该机构执业的卫生、中医药行政管理部门申请注册。获得中医医师资格后二年内未注册的，还要提交有省级卫生、中医药行政管理部门的机构接受3至6个月的培训，并经考核合格的证明。

　　不具有完全民事行为能力的，以及受刑事处罚，自刑罚执行完毕之日起至申请注册之日止不满二年的，健康状况不适宜或不能胜任医疗、保健业务工作的等，不予注册。

　　中止医师执业活动二年以上的，以及不予注册的情形消失的医师，要申请重新注册。医学教，育网搜集整理重新注册需到县级以上卫生、中医药行政管理部门指定的机构或组织，接受3至6个月的培训，并经考核合格。