黄连在临床上常用对湿热泄泻、高热神昏、吐血、衄血、心下痞满、胃火炽盛、牙龈肿痛、口舌生疮等病症的治疗。如治疗胃肠实热、胃火炽盛引起的胃内嘈杂、牙龈肿痛、胃脘作痛、口舌生疮时，常与连翘、厚朴、枳实、栀子配伍。治疗肝火旺所至的肋胁胀痛、口苦泛酸时常与吴茱萸配伍。治疗心火亢盛引起的胸闷、心痛、夜不能寝时，又常常与瓜蒌、半夏等药物配伍。现代医学研究证明，黄连中含有黄连碱、掌叶防己碱、甲基黄连碱、木兰碱等物质，对葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌、痢疾球菌、霍乱弧菌等都有较强的抗菌作用。因此，黄连还是一种很好的抗菌消炎药。

　　黄柏是黄柏树的内皮，临床上主要用于对湿热下注、淋病、痢疾、尿浊带下、骨蒸劳热梦遗等病的病症的治疗，如治疗痢疾时常与木香、黄连，马齿苋、白头翁、秦皮等配伍、治疗湿热下注时所至的泌尿感染。常与栀子、大黄、龙胆草、木通、瞿麦、当归等配伍。治疗血尿时又常与小蓟、地榆、白茅根等配伍。治疗妇女带下、常与车前子、芡实、苍术等配伍。

　　黄芩、黄连和黄柏虽然都属清热降火药，但黄芩偏于清上焦火，黄连偏于清中焦火，而黄柏则偏于清下焦火。根据其各自的特点，临床上遇有心炎、肺火时常先黄芩，遇有胃炎时常选黄连，遇有大肠及膀胱湿热火盛时可选黄柏治疗。