医学伦理学经常讨论的主要问题有：

健康和疾病的概念。这在规定医疗范围和医务人员的义务中起重要作用，世界卫生组织所下的健康定义包括身体、精神和社会方面的完全良好。许多人认为这个定义过于宽泛，会使医疗卫生的范围过大，社会不胜负担。较窄的健康定义仅包括身体和精神上的良好，或仅限于身体上的良好。

医患关系涉及医学伦理学许多基本问题，其中最重要的是病人的权利和医生的义务问题。传统的医学伦理学强调医务人员所做的一切必须有利于病人，而不管病人的愿望如何，这是家长主义模型。后来在西方，随着民权运动的发展，更强调尊重病人的意见，这是自主模型。现在正在设法把二者统一起来。

人工授精、体外受精、代理母亲等生殖技术给人类提供了非自然的生殖方式，引起一系列概念、伦理学和法律问题。比如人工授精把有第三者参与的合子引入婚姻关系，是否会破坏家庭的基础？供体精子人工授精育成的孩子具有什么法律地位？供精是否应该检查、限制次数、保密和商业化？对人类胚胎的研究应否控制？是否应该禁止在产前进行性别选择？这些问题的讨论往往要求在政策和法律上作出相应的决定。

避孕、人工流产和绝育等也是使恋爱、性交与生殖生育分离的技术，因此遭到宗教或非宗教权威的反对。另一方面，对智力严重低下者以及严重的精神病人是否应该实行强制绝育，也是一个争论不休的问题。这是一个至今使医务人员感到为难的问题。

产前诊断、遗传学检查，遗传学筛选、遗传咨询、基因治疗、基因工程等技术有利于人们及早发现遗传性疾病，但这些技术引起了这种检查和筛选是否可以强制进行、是否应该限制严重遗传病患者的婚育、遗传信息是否应该保密、遗传咨询服务是否应该免费，以及这些技术带来的利害得失如何权衡等伦理问题，应用遗传学技术减少遗传病患者的人数、改进人口质量又如何在目的和方式上与纳粹德国提倡的所谓优生运动相区别？

由于生命维持技术的发展和应用，医务人员可以使不可逆昏迷的脑死亡病人和持续性植物状态的人继续维持其生物学生命，但他们永远失去了意识和运动能力。这使得人们感到有必要重新考虑死亡概念和重新给死亡下定义的问题。 安乐死的伦理学问题是医学伦理学讨论得最活跃和争论得最激烈的一个问题。目前，自愿的被动安乐死，即根据临终病人的要求不给他或撤除治疗，已为许多国家的法律所承认，无行为能力的病人也可由代理人作出决定。

分歧较大的是主动安乐死问题，这主要是因为对结束病人生命的主动行动与不给、撤除治疗的被动行动之间是否有性质区别，尚有不同意见。在主动安乐死的情况下，死亡的原因是疾病，还是行动，以及采取行动的人是出乎善意，还是出乎恶意，这也难以断定。 卫生政策中最有争论的问题是一个国家是否应该让医疗卫生社会化，如应实行公费医疗或医疗保险，还是让医疗卫生商品化，还是采取某种混合折衷的方式。

医学伦理学的显著特征是：实践性、继承性、时代性。