①隐蔽质粒DNA探针，淋球菌质粒分为三种：接合性质粒，分子最大，为36kbDNA；耐药性质粒包括两个质粒，DNA长分别为5.6kb和7.1kb；隐蔽质粒4.2kb.其中隐蔽质粒存在于96%的临床淋球菌分离株中，其它奈瑟菌不含有此质粒，故可用它的序列作为特异DNA探针检测淋球菌。Torres采用核酸杂交技术检测淋球菌，所用探针为隐蔽质粒。用该探针对134株淋球菌和131株相关菌株的检测，有124株淋球菌杂交反应阳性，占93%，还可与个别其它的奈瑟菌出现交叉反应，对测定探针的敏感性实验表明可检出102CFU淋球菌。研究证明隐蔽质粒中CPPB基因序列在所有的淋球菌染色体中（包括不含该质粒的菌株）。因此CPPB基因探针具有良好的特异性和敏感性。Torres等用CPPB基因探针检测了201份临床标本，采用非放射性地高辛标记系统，其敏感性和特异性分别为95%和98%.

　　②耐药性质粒DNA探针

　　淋球菌的抗药质粒可分为：①产青毒素酶淋球菌（PPNG）其β-内酰胺酶阳性；②具有高水平的质粒介导的耐四环素淋球菌（TRNG）。

　　PPNG菌株是1976年首次在实验室分离得到的，该菌中含有编码产青毒酶的基因，该基因既可整合于染色体上也可出现在质粒DNA中，而后者居多，称之为产青毒素酶质粒，质粒有二种，大小分别为7.4kb和5.3kb.Pescador1998年设计一特异的检测淋球菌编码β-内酰胺酶基因的探针，采用酶化学发光法标记，液相杂交，用测光计测是特异杂交体的光量。在4h内可检测104～105CFU的PPNG菌株。TRNG菌株虽对四环素耐药，但通常对β-内酰胺酶类及喹诺酮类抗菌素敏感。因此，在实验室药敏检测中可归为敏感细菌。Pescador用抗四环素淋球菌（TRNG）tetm基因的寡核苷酸探针，该基因介导抗四环素，用酶化学发光标记，液相杂交，4h内可直接从临床标本中检出含有tetm基因的1.5×104CFu的淋球菌。