中医发病学认为，机体发病过程中的每一个系统要素，都是相互联系、相互影响的，机体内各种矛盾的变化错综复杂，必须在认真分析各种矛盾相互关系的基础上，抓住疾病的主要矛盾和疾病矛盾的转化趋向，才能真正掌握病变的本质，做出正确的诊断结论。中医学认为病变矛盾尽管是复杂多变的，但疾病的发生发展与转归是人体正气与邪气这一对矛盾相互交争的结果。在这一对矛盾中，人体的正气这一发病的内因是病变的根本，邪气这一外因只是病变的条件，外因要通过内因起作用。
　　因此中医学在对病机的分析研究上着重分析探讨影响机体正气的因素，如阴、阳、气、血的偏盛偏衰。所谓“正气存内，邪不可干”，“邪之所凑、其气必虚”，在治疗上也是针对内因建立治疗原则。中医发病学的内外因相关论点符合唯物辩证法“内因是变化的根本，外因是变化的条件，外因通过内因而起作用”这一基本观点。中医发病学注重人体内因这一发病的根本，只是中医学抓主要矛盾的这一基本观点的体现。
　　这一认识并非一成不变，而是以发展变化的观点分析正邪这一对矛盾的转化关系，分析正邪这一对矛盾在临床诊断的同时孰主孰次、孰重孰轻。如果外来病邪偏重，超越了人体的抗病能力亦可上升为主要矛盾引起人体发病。据此中医学制定了扶正以祛邪（内因正气为主要矛盾），祛邪以扶正（外因邪气上升为主要矛盾），扶正兼祛邪（主次矛盾兼顾）的治疗原则。中医发病学这种以系统的、发展变化的观点认识和研究疾病的方法，是符合唯物辩证法的基本观点的，同时也符合人的生命与疾病发生发展的内在规律性。