临床助理医师考试淋菌性肛门直肠炎容易混淆的疾病是考试大纲要求掌握的内容，卫人网整理如下：

　　（一）非淋菌性尿道炎　虽亦有不洁性交史，但潜伏期长（1～3周），症状轻微，尿道分泌物量少，呈浆液性或粘液脓性。沙眼原体和解脲支原体为主要病原体，少数可由阴道毛滴虫、念珠菌或单纯疱疹病毒引起，大肠杆菌见于男性同性恋的尿道炎患者。淋球菌检查阴性。

　　（二）非特异性尿道炎　指与性病无关的细菌性尿道炎，如继发于包茎的尿路感染，或继发于尿道导管插入术和其他尿道器械操作引起的损伤后感染。镜检常为革兰阳性球菌。

　　（三）Reiter综合征　主要症状发生次序为尿道炎、结膜炎和关节炎。发病与HLA-B相关，病因多为沙眼衣原体（性病型）、肠道福氏痢疾杆菌（肠型）。偶见于淋菌性尿道炎后发病者，尚可伴发脓溢性皮肤角化症（掌跖多见）及环状龟头炎等皮肤粘膜损害。