肠道菌群失调是由于某种原因破坏了正常菌群内各种细菌的互相制约关系，肠道内正常菌群的种类、数量和比例发生异常变化，包括厌氧和需氧菌比例失调、定植转移性失调等。导致肠道菌群失调的主要原因：①抗生素使用不当：特别是广谱抗生素应用时间过长，在杀死病原菌的同时也杀死了有益的正常菌群，使有致病作用的外来菌大量繁殖；②急慢性胃肠道疾病：如痢疾、霍乱、消化道肿瘤、肝炎、肝硬化、萎缩性胃炎；③小肠淤滞：由于胃肠手术后引起，如十二指肠或空肠多发性憩室、手术性盲袢、梗阻、瘘管等，或运动障碍如硬皮病、糖尿病、自主神经病变、假性肠梗阻；④免疫抑制：放射性核素、激素、放射治疗和化疗都可降低人体免疫力，影响益生菌，使潜在致病菌定植。此外，手术、外伤、感染、肿瘤等可引起菌群失调。