抗生素相关性腹泻临床表现有单纯腹泻型、假膜性肠炎、出血性结肠炎、霉菌性肠炎、小肠污染综合征，功能性消化不良如便秘、炎症性肠病、肝硬化、急性胰腺炎、结直肠癌，过敏性疾病如湿疹、食物过敏、变应性鼻类和哮喘等，原发性腹膜炎、胆系感染、肝癌等，以上这些疾病，可由肠内菌群失调引起，而这些疾病的病理过程也可导致肠内菌群失调，两者互为因果。表现为肠内双歧杆菌、乳酸菌和部分厌氧菌明显减少，而原本含量少的粪球菌、肠球菌大量增生，降低了肠道抵抗力，导致病原菌、病毒的入侵，引起或加重各种疾病。