是将粪便中的病原体进行分离、培养、鉴定，明确感染性质的检查。正常人肠道寄居有多种正常菌群，但无病原性细菌。

　　临床意义：引起腹泻的常见病原体有沙门菌属、志贺菌属、弧菌属、弯曲菌属、小肠结肠耶尔森菌、致病性大肠埃希菌、念珠菌、轮状病毒等。粪便中分离培养出致病性病原体可明确诊断：霍乱弧菌为霍乱；痢疾志贺菌为细菌性痢疾；沙门菌属细菌为沙门菌感染；伤寒沙门菌或副伤寒沙门菌为肠热症；结核分枝杆菌为肠结核。米泔水样便悬滴标本，暗视野下见鱼群样运动活泼的弧菌，提示霍乱；见车轮状的病毒颗粒，提示为轮状病毒的秋季婴儿腹泻。荧光显微镜检查见到与志贺荧光抗体结合的荧光菌球，可诊断为细菌性痢疾。