随着抗生素在临床的广泛应用，其带来的不良反应也日益明显。抗生素的抑制或杀灭作用不分对象，在抑制、杀灭致病微生物的同时，也可抑制、杀灭机体内的正常菌群，扰乱肠道正常菌群的组成和相互制约的格局，破坏微生态平衡，造成共生菌或过路菌（主要是条件致病菌）过度的繁殖和毒素的释放，极易引起内源性感染症或二重感染症，可使患者出现不同程度的腹泻，有些发展为假膜性肠炎，甚至可以导致死亡。菌群失调使肠道微生态系统失去平衡，对抗生素敏感的细菌受到了抑制，其他细菌（包括耐药菌株）相对增多，或者在适宜的条件下劣势菌转为优势菌，以致菌群失调。
（二）免疫抑制
影响机体免疫功能的药物（如激素、化疗药等）、放射性治疗等均可在治疗疾病的同时降低机体免疫力，在一定程度上影响对人体有保护作用的益生菌，使人体潜在致病菌定植，引起新的疾病，如真菌感染、消化吸收功能紊乱、维生素缺乏症等。
随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双歧杆菌减少，产气荚膜梭菌增加，前者有可能减弱对免疫功能的刺激，后者导致毒素增加，使免疫受到抑制。老年人如能维持年轻时的肠道菌群平衡，也许能够提高免疫能力。
（四）其他
手术、感染、外伤、肿瘤、外环境恶化、情绪激动等一些干扰宿主的因素也可引起菌群失调。
