临床执业助理医师考试新生儿巨结肠的鉴别诊断是考试大纲要求掌握的内容，人卫智网考试整理如下：
（1）单纯性胎粪便秘或称胎粪塞。胎粪特别稠厚聚集在直肠内。直肠指检的刺激多能发动排便反射，用盐水灌肠能清除胎粪，以后即不会再有便秘。
（2）先天性肠闭锁：新生儿回肠或结肠闭锁表现为低位肠梗阻，直肠指检仅见少量灰绿色分泌物，用盐水灌肠也不能排出大量胎粪。
（3）新生儿腹膜炎：新生儿可因败血症、脐部感染或其他原因而发生腹膜炎。此时患儿有腹胀、呕吐、大便少或腹泻等症状，与新生儿HD发生小肠结肠炎的病例极为相似，鉴别诊断有时困难。（4）新生儿坏死性小肠结肠炎：与HD伴发小肠结肠炎很难鉴别，但此病多是早产儿，出生后曾有窒息、缺氧、休克的病史，且有便血，X线平片肠壁有气囊肿或（和）门静脉积气。
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