免疫缺陷者一旦发生感染治疗较困难，病死率高，故预防感染的发生极为重要，预防措施有下列几方面。

　　1﹒严格掌握所有可能损伤防御功能的诊治措施各种导管（尤其是导尿管）应尽量少用，且应经常调换。可能导致菌血症或促使感染在局部播散的某些操作对免疫缺陷者更具有危险性；因此，各种内镜检查、血管造影、逆行胆管造影、膀胱镜检查和牙科操作等只能在有绝对指征时才使用，并必须做好严密消毒，在操作开始前0.5～1小时和操作后1～2天内给予适当抗菌药物。有关医务人员应严格执行消毒隔离制度。

　　2﹒患者周围环境的消毒隔离  免疫缺陷者尤其是中性粒细胞严重减少者（低于1 ×109／L）应采取隔离措施，所有患者用水、饮食、医疗器械等皆须经过消毒，空气层流也可采用。但总的效果不明显。

　　3﹒改善机体防御功能  应用免疫球蛋白、转移因子等，输入中性粒细胞、注射疫苗等。但中性粒细胞输入应有明确指征。许多免疫缺陷患者注射疫苗后并不能产生充分的免疫反应。

　　4﹒抗菌药物的预防性应用  采用口服抗菌药物以消除患者自身的细菌、真菌等病原微生物，可用药物有新霉素、巴龙霉素、复方磺胺甲唑、氟喹诺酮类、甲硝唑以及制霉菌素等。但是预防用药后胃肠道反应多见，患者常难以完成疗程，过早停药后感染发生率反而升高，并易引起细菌产生耐药性，目前认为不是一种经济有效的措施。经临床验证对于免疫缺陷患者以及造血干细胞移植及实体器官移植患者机会菌感染有一定预防作用的方案有：

　　（1）单纯疱疹病毒的预防：阿昔洛韦250mg，每12小时1次，或200mg，每日3次口服，疗程自准备期至移植物移入，或黏膜炎症消失，对于实体器官移植患者阿昔洛韦200mg，每日3次口服。

　　（2）移植器官巨细胞病毒检测阳性而器官移植受者阴性患者预防移植后巨细胞病毒感染：更昔洛韦5mg／kg，每12小时1次，共7天，然后每日1次，每次5mg／kg，每周用5～6天，均静脉滴注，疗程从移植物植入至移植后100天。

　　（3）预防念珠菌属感染：氟康唑400mg 每日1次，也可选择米卡芬净50mg，每日1次静脉滴注。

　　（4）预防卡氏肺孢菌感染：每日1次口服SMZ‐T MP 1片（含SMZ 400mg，T MP 80 mg），或每周3～7天口服。

　　（5）预防弓形体感染：心脏移植受者弓形体血清试验呈阴性而供体为阳性时，应给予受者口服乙胺嘧啶第一日每次50～100mg，一日2次；继以每日25mg，联合磺胺嘧啶每日4次，每次1～1.5g，同时每日口服亚叶酸10mg，连续6个月。