克罗恩病的病因尚未完全明确，可能为遗传、免疫和环境等多种因素的综合作用所致。深入研究发现其与疾病的表型、并发症和治疗反应有关，如NOD2突变多见于CD末段回肠受累者，易于发生纤维化与狭窄，但是不到30%的CD有此基因突变，而我国与日、韩研究未发现此基因突变，反映了遗传异质性和东西方人种的差异。此后任何破坏肠黏膜屏障的继发因素都将使抗原与这些淋巴组织再度接触，激发局部过度的免疫反应性炎症，这是对该病发病机制的精辟概括。