肠易激综合征是一组包括腹痛、腹胀、排便习惯和大便性状异常的症状群。其中，腹痛和腹部不适是IBS最核心的临床症状，其突出特点是这些症状与排便有关，很多患者会诉说腹痛时上厕所后会缓解。如果腹痛或腹部不适在进餐后加重则可能同时伴有胃的功能紊乱，又称为功能性消化不良。很多人对腹痛容易理解，但部分患者并不觉得是腹痛，只是一种难以用腹痛或腹胀来形容的不适感。这种腹痛或腹部不适可以牵涉至两侧季肋部、腰背部、会阴部，部分女性患者还可能有性交痛或月经期症状加重。

IBS患者多有明显的排便习惯或粪便性状的改变，排便习惯表改变现为排便次数的增加（腹泻）或减少（便秘），或腹泻与便秘交替出现。粪便性状的改变表现为糊状便、稀水便；或干球粪、硬粪。有些患者排便费力，但排出的是糊状便或稀水便，将其理解为便秘；也有患者排便次数多，但排便干结，为硬粪，呈现假性腹泻。

排便费力、排便急迫或排便不尽感、排粘液便及腹胀也是IBS常见的临床表现，所谓的粘液便就是排出的粪便中附有许多鼻涕样粘稠物。

除腹部症状外，IBS患者还可出现一些其他的表现，如出现尿频、尿急、夜尿增多、排尿不尽感等泌尿系统症状，女性患者可有痛经、性交痛。还有患者同时可出现口臭、乏力、心悸、气促、头晕、头痛、胸闷、肌痛、肌痛等。IBS常伴有精神心理异常，特别是反复求医的患者，表现为精神上的苦恼、感情脆弱、睡眠差、抑郁、焦虑、疑病等。