中枢免疫器官（central im mune organ）是免疫细胞发生、分化、发育、成熟的场所，并对外周免疫器官的发育起主导作用，某些情况下（如再次抗原刺激或自身抗原刺激）也是产生免疫应答的场所。人和其他哺乳类动物的中枢免疫器官包括胸腺和骨髓，鸟类腔上囊（法氏囊）的功能相当于骨髓。

　　1﹒胸腺（thymus）

　　胸腺大小和结构随年龄的不同而有明显差别。人在新生儿期胸腺重量约15～20g；以后逐渐增大，青春期可达30～40g，其后随年龄增长而逐渐萎缩退化；老年期胸腺明显缩小，大部分被脂肪组织所取代。胸腺是T 细胞分化、成熟的场所，其功能状态直接决定机体细胞免疫功能，并间接影响体液免疫功能。来自骨髓的前T（pre‐T）细胞进入胸腺后称胸腺细胞（thy mo cyte），即T 细胞。在胸腺微环境下，T 细胞经过三个阶段［双阴性（CD4－、CD8－）、双阳性（CD4＋、CD8＋）和单阳性（CD4＋／CD8＋）］和两次选择［阳性选择（指识别自身主要组织相容性抗原———MHC 的T 细胞才能生存，不识别MHC 的则凋亡）和阴性选择（指与MHC 自身多肽呈高亲和力结合的T 细胞发生凋亡，而不结合或低亲和力结合的T 细胞生存）］，T 细胞最终发育成熟，进入外周淋巴组织，定居于胸腺依赖区。成熟的T 细胞其表型主要为CD3＋、CD2＋、CD4＋TCRαβ＋或CD3＋、CD2＋、CD8＋TCRαβ＋，其功能为对外来多肽起免疫应答反应，对自身抗原则耐受，即有区别自我与非己的能力。

　　2﹒骨髓（bone marrow）

　　是重要的中枢免疫器官，可分为红骨髓和白骨髓。红骨髓由结缔组织、血管、神经和实质细胞组成，呈海绵样存在于骨松质的腔隙中，具有活跃的造血功能。骨髓功能的发挥与其微环境有密切关系。骨髓微环境指造血细胞周围的微血管系统、末梢神经、网状细胞、基质细胞以及它们所表达的表面分子和所分泌的细胞因子。这些微环境组分是介导造血干细胞黏附、分化发育、参与淋巴细胞迁移和成熟的必需条件。人类和哺乳类B 细胞是在骨髓中发育成熟的。B 干细胞分化为原B（pro‐B）细胞、前B（pre‐B）细胞、未成熟B 细胞和成熟B 细胞。主要特征是pro‐B 有免疫球蛋白基因DJ／VDJ 发生重排；pre‐B 细胞表达μ链；未成熟B 细胞膜表面有Ig M（mIg M）的表达；成熟B 细胞有mIg M 和mIgD 的共同表达。未成熟B 细胞与固相抗原接触，则发生凋亡，即克隆丢失；遇到可溶性抗原，则成无能B 细胞；只有未遇到抗原的未成熟B 细胞，才能发育成成熟B 细胞。因此B 细胞在骨髓发育中，也有阴性选择。成熟B 细胞只对非己抗原应答，而对自身抗原耐受，即获得了识别自我与非己的能力。成熟B 细胞迁移至外周免疫器官，定居于淋巴结的浅皮质区（淋巴滤泡）和髓质部位，或脾的髓索和白髓的淋巴滤泡区。