内镜对消化系统疾病诊断的适应证很广，凡疾病诊断不明而估计内镜能到达的均可应用内镜协助诊断。由于内镜能直接观察到病变，并可取活组织检查，因此具有其他检查手段不可比拟的优势。加上现代内镜与超声、染色、放大、共聚焦显微镜等技术结合，更是大大提高了对疾病性质和范围判断的正确率。当然，内镜是一种侵入性检查，严重的心肺功能不全、处于休克等危重状态者、不合作者、内镜插入途径有严重急性炎症和内脏穿孔者等应视为内镜检查的禁忌证。此外，由于常规内镜只能观察到消化道黏膜，对消化道大体形态和胃肠动力性疾病，如胃下垂、贲门失迟缓症、食管裂孔疝、肠易激综合征等难以诊断，对皮革胃也易漏诊，对肝及胰腺疾病的应用面亦很窄。因而内镜仍不能完全取代影像学检查，两者应互为补充。